原名马家塄坎，塄坎是沟谷在塬面吞蚀的黄土地貌之俗称，因马姓人在此地建村而命名，后演变为马沟。2015年异地搬迁到槐树村以东建成新农村，取名为马沟新村，现为村委会所在地。
2019年1月，甘肃省爱国卫生运动委员会命名马沟村为2018年度甘肃省卫生村（社区）。
马沟村是清水县白沙镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为620521106205，居民身份证号码前6位为620521。邮政编码为741000，长途电话区号为938 ，车牌号码为甘E。马沟村与代沟村、程沟村、太石村、鲁湾村、赵沟社区、温泉村、箭峡村、汤浴村、桦川村、桑园村、元坪村、鲁沟村、白沙社区相邻。历史沿革：1949年前隶属于白沙镇，为上邽区白沙乡马沟村。
1958年为白沙公社马家塄坎大队，辖马家塄坎、马沟槐树、石嘴子、太石河。
1980年为白沙乡马沟村；2015年为白沙镇马沟村，辖马沟新村。
民国时期为保甲制，1949年初为马沟村人民代表大会，1955年至1958年为马沟农业合作社，1958年至1980年为马沟生产大队，1983年至今为马沟村村民委员会。
