在北宋初，王氏二兄弟在此地开办冶铁作坊和铁制品店铺，故名。
2024年3月，甘肃省爱国卫生运动委员会命名王店村为2023年度甘肃省卫生村。
2023年3月，王店村被授予甘肃省第十六批省级文明村镇称号。
王店村是清水县黄门镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为620521109207，居民身份证号码前6位为620521。邮政编码为741000，长途电话区号为938 ，车牌号码为甘E。王店村与杨李村、薛堡村、马什村、长谷村、台子社区、硖口村、黄湾村、小河社区、后坡村、下成村、樊家村、元川村相邻。历史沿革：北宋时，王店设为冶坊堡、寨。
本村有“冶坊城”遗址，村东山塬上有“东岳泰山庙”遗址，蒲家台子（庄）出土宋“仪制令”碑，历史文化悠久。
1958年为黄门公社王店大队。
1984年为黄门乡王店村委会，辖王店、宁家庄、蒲家台子三个自然村。
民国时期为保甲制，1949年初为王店村人民代表大会，1955年至1958年为王店农业+查看详细王店村历史沿革>>
