明洪武元年（1368）孙姓村民来祖从山西洪洞迁至豫东太康东五十里舍店庄附近，建村命名孙家店。后因舍姓家道败落，人员逐渐减少，而孙氏族人人丁兴旺，众人便迁至舍店庄居住，于是改舍店为东庄，孙家店为西庄，二庄合称孙店。到了明朝后期，孙氏族人建祠堂于东庄，同时改庄名东庄为大孙店，西庄为小孙店。
小孙店村是太康县马头镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为411627105204，居民身份证号码前6位为411627。邮政编码为466000，长途电话区号为394 ，车牌号码为豫P。小孙店村与马西村、马庄村、马北村、王庄村、大孙店村、马东村、舒屯村、大王店村、小王店村、柳河村、湾子桥村、袁桥村、邱庙村、柳岗村相邻。历史沿革：1949年属太康县第二区（马头）。
1958年8月成立大孙店生产大队，属马头公社。
1976年分置出小孙店生产大队。
1983年11月更名为小孙店村民委员会，属马头乡。
1987年撤乡建镇，属马头镇至今。
