早前，邱文进于明隆庆年间迁此定居，当时村名为辛店。清末，邱氏形成大族，故在村名前加邱字，称邱辛店。

2021年1月，河南省爱卫会命名邱辛店村为2020年度河南省卫生村。

邱辛店村是南乐县寺庄乡下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为410923206205，居民身份证号码前6位为410923。邮政编码为457000，长途电话区号为393 ，车牌号码为豫J。邱辛店村与后郭村、王洪店村、前郭村、岳村集村、西寺庄村、郭徐岳村、苏岳村、东寺庄村、李岳村、赵岳村、豆村村、古念村、利固村、张浮丘村相邻。历史沿革：明初为南乐县长泰乡地，明中期改乡为里。

1929年先后属五区、一区所辖。

1948年属南乐县五区邱辛店村公所。

1956年撤区建乡，为寺庄乡邱辛店农业生产合作社。

1958年为寺庄人民公社邱辛店大队。

1984年改为寺庄乡邱辛店村民委员会。