据考证，民国时期在村内开设客栈，因客栈而取名为上店房，后因社会发展，客栈关闭，改为上店村。
2021年3月，2020年度陇南市卫生村名单出炉，上店村上榜。
上店村是康县云台镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为621224106209，居民身份证号码前6位为621224。邮政编码为746000，长途电话区号为939 ，车牌号码为甘K。上店村与全坝村、上磨村、大院村、唐坝村、铺坝村、冯院村、下磨村、中院村、关场村、陈沟村、罗河村、陈峡村、山岔村、杜坝村相邻。历史沿革：1949年属关沟乡；1958年成立人民公社，属云台人民公社上店大队；1983年，撤社设乡，属云台乡人民政府上店大队。
1985年，撤乡置镇，属云台镇上店村民委员会，沿用至今。
