此地相传是古丝绸之路的重要驿站，因早先四方客商在此居住旅社以窑为主，得名窑店，该村委会驻窑店自然村，故名。

2024年3月，甘肃省爱国卫生运动委员会命名窑店村为2023年度甘肃省卫生村。

窑店村是临洮县窑店镇下辖的行政村，城乡分类代码为121，为镇中心区。区划代码为621124108205，居民身份证号码前6位为621124。邮政编码为743000，长途电话区号为932 ，车牌号码为甘J。窑店村与瓦家寺村、杨家山村、徐家铺村、武家村、阳坡村、黄家川村、长城村、大坊村、马家坪村、四十铺村、中间村、北大坪村、平线岭村、翻山村相邻。文化旅游：

胡登州墓胡登州墓·明代·咸阳市渭城区窑店镇窑店村西北。保护范围：墓葬封土及墓碑四面外延20米。建设控制地带：保护范围四面外延100米。2003年，胡登州墓被陕西省人民政府公布为第四批省文物保护单位。历史沿革：公元1944年为窑店乡窑店村。

1958年设立红霞人民公社，为公社下属窑店大队。

1969年后历属窑店、尧甸公社、窑店人民公社。

1983年改为窑店乡后，为窑店乡老街村、新街村。

2001年撤乡建镇为窑店镇窑店村并沿用至今。