因该地有琴珠垌、王母山、埃山、牛音山，一琴三山，故名。
2019年9月，琴山村上榜2018年广东省“民主法治示范村（社区）”创建单位名单。
琴山村是廉江市良垌镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为440881106220，居民身份证号码前6位为440881。邮政编码为524000，长途电话区号为759 ，车牌号码为粤G。琴山村与苑瑶村、南坡村、西朗村、黎屋村、大垌村、那梭村、赤岭村、松石村、平田村、鹤山村、坡尾村、土石村、丰背村、中岭村相邻。历史沿革：1983年由平坦大队分出；1987年改为琴山管理区；1999年改为琴山村委会，一直沿用至今。
原属平坦镇管辖，2004年5月撤平坦镇并入良垌镇后，属良垌镇管辖。
