1931年建立的固始县第三区苏维埃政府驻境内，以此命名。

三区村位于祖师庙镇7公里处，浅山区村。全村面积4平方公里，下辖11个村民组，466户，2073人，耕地1800亩，其中水田1250亩，旱地550亩，林地246亩，地势南高北低，生产方式落后，属国家级重点贫困村。现有建档立卡贫困户47户，89人。其中五保贫困户30户36人(五保30人)，低保贫困户13户43人（低保13人），一般贫困户4户10人；致贫主要原因：因病35户60人，因残6户11人，因学0户0人、缺劳动力1户6人、缺技术1户2人、缺资金4户10人。中共党员37人，外流20人。三区村与七冲村、杨楼村、万岗村、毛店村、仓房村、童圩村、彭畈村、黄楼村、羁马村、南刘楼村、松林村、大冲村、王行村、小店社区相邻。荣誉排行：

2021年1月，河南省爱卫会命名三区村为2020年度河南省卫生村。

1949年底属陈淋区曹大庄乡。

1956年改三区高级社，属凉亭乡。

1959年改三区大队，属陈淋公社。

1983年改三区村民委员会，属祖师庙乡。