明代，马姓自山西洪洞县迁此建村，故名。
2022年1月，马沟村被命名定为2021年度河南省卫生村。
马沟村是南召县南河店镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为411321104222，居民身份证号码前6位为411321。邮政编码为473000，长途电话区号为377 ，车牌号码为豫R。马沟村与渭林河村、许田村、韩店村、移民新村、城口湾村、杨湾村、南河店村、大范庄村、延岭沟村、漆树园村、大岗村、姜先沟村、大王村、韦湾村相邻。历史沿革：民国属南阳县。
1958年成立渭林河大队，属南河店公社。
1960年析出，设马沟大队，属南河店公社。
1984年改称马沟村民委员会，属南河店乡。
1986年撤乡改镇，属南河店镇。
