据说山上有原有许多晶莹剔透的石头，如同玉，故名。

水门畲族乡玉山村位于水门乡西北面，距离镇区所在地2.6公里，现辖下徐、渔家洞、向阳、叶山四个自然村。全村总面积7892亩，其中水田969亩、农旱地251亩、林地面积1120亩。全村共有315户1131人，六个村民小组，村两委成员6人，党员35人，村民代表35人。全村低保11户16人，残疾户29户31人，五保11户11人。贫困户25户70人，国定建档立卡贫困户18户45人，省定建档立卡贫困户7户25人，其中2016年脱贫户14户39人，2017年脱贫11户31人，已全部脱贫。村民收入以外出务工和种植茶叶、水稻、甘薯等经济农作物为主，2017年人均纯收入达15202元。为了发展壮大村集体经济，累计+查看详细玉山村概况>>

2022年12月，福建省绿化委员会命名玉山村为2022年福建省森林村庄。

2021年11月，福建省爱卫办命名玉山村为2021年福建省卫生村。

2015年10月，玉山村入选福建省第一批省级传统村落。

历史沿革：1958年8月，我国全面开展人民公社化运动，实行政社合一、撤乡建社，农业生产合作社改称生产大队；同年，设立玉山生产大队。

1984年8月，实行政社分开，恢复乡，建立乡人民政府；同时，生产大队更名为玉山村，选举产生村民委员会。

1984年，撤销玉山生产大队，设立玉山村民委员会，简称玉山村委会。