以境内原有玉溪寺取名。玉溪寺，旧名湫水寺。嘉定《赤城志》记载：“玉溪院，在县东南80里，旧名湫水。唐元和五年（810年），以湫水潭应祷而建。国朝（北宋）大中祥符元年（1008年），赐今额。”寺院建筑宏伟，是三门县内著名古刹之一。
2021年12月，玉溪村被命名为2021年浙江省卫生村。
玉溪村是三门县亭旁镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为331022103311，居民身份证号码前6位为331022。邮政编码为318000，长途电话区号为576 ，车牌号码为浙J。玉溪村与中口堂村、岙王村、葫芦田村、梅里村、鳌岗村、上模村、赖岙村、上下梅村、下湾村、彭赖村、何祝岙村、韩家村、坑坞村、南溪村相邻。历史沿革：清代属宁海县南乡邵家庄。
民国十七年（1928年）属湫水岙乡。
民国二十四年（1935年）属邵家乡。
民国二十九年三门建县前后属任邵乡。
1955年成立潘家、格水邵、汪家初级社。
1958年冬属邵家管理区湫水岙生产队。
1961年潘家、格水邵、汪家合办中山大队，属邵家人民公社。
1983年政社分设时，各村自设村民委员会，成立潘家、格水+查看详细玉溪村历史沿革>>
