据卢姓始祖迁居子宁和岭脚西岙处，因住房与溪相近，故名近溪，后为地名雅美，改称芹溪。
2025年3月，被命名为第七届全国文明村镇。
2023年5月，芹溪村被命名为2023年度“浙江森林氧吧”。
2023年7月，芹溪村被命名为浙江省“红色根脉”强基（基层党建）示范村（社区）。
2021年12月，芹溪村被命名为2021年浙江省卫生村。
2021年11月，浙江省民政厅确认芹溪村为第四批浙江省省级引领型农村社区。
芹溪村是三门县亭旁镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为331022103252，居民身份证号码前6位为331022。邮政编码为318000，长途电话区号为576 ，车牌号码为浙J。芹溪村与佃石村、金干村、坐塘村、下吴村、山根邵村、挂帘村、上卢村、界岙村、下路朱村、铁场村、石头岙村、西山村、刘家村、马村村相邻。历史沿革：清代属宁海县南乡杨家庄。
民国17年（1928）属宁和乡。
民国29年（1940）三门建县前后均属杨家乡。
1956年与外洋马村合办芹溪高级社。
1958年冬属坝头管理区芹溪生产队。
1961年改建芹溪大队，属坝头人民公社。
1984年全县政社分设后，设芹溪村民委员会，属坝头乡。
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