查当地《梅氏宗谱》，南北朝宋元嘉二年（公元425年），梅盛，桐庐人，令章安，升南昌别驾，知晋将亡，不赴。先迁居丹邱寺，后子孙分迁到此。因该地南面有一条溪，村遂称南溪。
2023年3月，南溪村被认定为2022年度“浙江省善治村”。
2019年4月，南溪村被列入浙江省第一批省级传统村落名录。
南溪村是三门县亭旁镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为331022103294，居民身份证号码前6位为331022。邮政编码为318000，长途电话区号为576 ，车牌号码为浙J。南溪村与项家山村、韩家村、下湾村、叶家山村、小林山村、赖岙村、鳌岗村、枧头村、葫芦田村、刘家村、岙王村、西山村、玉溪村、铁场村相邻。文化旅游：
梅长恕宅院梅长恕宅院位于三门县亭旁镇南溪村。为文物保护点。历史沿革：清代属宁海县南乡梅家庄。
民国17年（1928）属南溪乡。
民国29年（1940）三门建县前后均属梅家乡。
1954年成立明丰、建丰、新民、永丰4个初级社。
1956年又与黎家山、石门坑、上段、韩家4个自然村的初级社合办新华高级社（驻地南溪村）改属中门乡。
1958年改称南溪生产队，属南溪管理区。
1961年各自分设，与黎家山合建南溪大队，+查看详细南溪村历史沿革>>
