清嘉庆二十五年（1820），一户李姓人在此开设过路店，后来逐渐发展成一个新兴的集市，取名李新店。
2022年8月，入选2022—2024届期驻马店市文明村镇名单。
李新店村是确山县李新店镇下辖的行政村，城乡分类代码为121，为镇中心区。区划代码为411725110200，居民身份证号码前6位为411725。邮政编码为463000，长途电话区号为396 ，车牌号码为豫Q。李新店村与杨湾村、夏湾村、大杨庄村、谢庄村、邵楼村、二道河村、胡岗村、潘集村、洛庙村、吴庄村、王楼村、武棚村相邻。历史沿革：清属南七保。
1958年设立李新店生产大队，属和平人民公社。
1975年恢复李新店人民公社，属李新店人民公社。
1983年12月设立李新店村民委员会，属李新店乡。
