清代，居民在村东头的大树疙瘩下建一土地庙，村更名木头疙瘩庙。
木庙村是鹿邑县观堂镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为411628111216，居民身份证号码前6位为411628。邮政编码为466000，长途电话区号为394 ，车牌号码为豫P。木庙村与蔡口村、孙庄村、巴里村、陈方村、白庙村、梅沟村、孙庙村、前杨楼村、桥口村、大曹村、黄桥村、杜楼村、郭窑村、何堂村相邻。历史沿革：1945年属菩提镇。
1958年属生铁冢人民公社巴李桥大队。
1965年属观堂人民公社巴李桥大队。
1982年从巴李桥大队划出，成立木头疙瘩庙大队。
1983年为木头疙瘩庙村民委员会，属观堂乡。
2013年改为木庙村民委员会，属观堂镇至今。
