明、清时代建村。早系吴、易、吕、张、傅诸姓聚居于此，户数众多，名曰“千家园”。后由谐音衍为“青家园”。清道光年间陈姓人入迁，繁衍发达，更名“陈家园”。之后以境内山明水秀，雅化为今名。

2023年1月，被命名为2022年度龙岩市“平安村居（社区）”。

2021年11月，福建省爱卫办命名清源村为2021年福建省卫生村。

2020年2月，福建省第三批省级传统村落名单出炉，清源村榜上有名。

清源村是漳平市永福镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为350881102204，居民身份证号码前6位为350881。邮政编码为364400，长途电话区号为0597 ，车牌号码为闽F。清源村与福里村、封侯村、陈村村、兰田村、古溪村、佳山村、岭下村、元沙村、颍水村、和丰村、箭竹村、桂洋村、同春村、文星村相邻。文化旅游：

漳平上林水库上林水库位于永福镇清源村上林自然村，拦蓄下浙溪源头之水。始建于1959年10月，原设计为小（一）型水库，后遇国民经济困难，于1961年8月停建。1976年5月续建，扩建为中型水库。1980年历史沿革：1934年后称清源保，初隶第二（永福）区南河联保、福里镇，之后并属永福镇。

1949年初属永福镇（后为永福区）清庄村（与李庄合）；1950-1952年后属第三（永福区）西山乡；1956年析立清源乡；1958年称清源大队属永福公社；1984年政社分开，称清源村属永福乡；1987年永福撤乡设镇，仍属之。