该地为黄氏世居。因黄氏家资豪富，曾雇佣龙溪邱某为仆，邱氏为人忠实、勤快，为主人看重。故黄氏出让花园边的山坡僻地为其建居。因其地山谷蘖刺蔓生，曾称蘖谷，后简化为檗谷。又称，该地古时临溪通海，舟船可泊，故古地名叫唐家崖，黄姓迁入后因羡其地檗阴谷幽，故改称檗谷。另原该地山麓北面丘阜山谷，遍长檗树，后有黄氏迁入于此建居，村即得名檗谷。

檗谷村系晋江市东石镇一个行政村，村落位于东石镇区东部，左依沿海大通道，右连东石镇商业中心，地理位置十分突出。[地名含义] 该地古时临溪通海，舟船可泊，故古地名叫“唐家崖”，黄姓人迁入后因羡其地“檗阴谷幽”，故改称“檗谷”。[历史沿革与人文] 早在宋代，黄姓人就徙居于此地，开基始祖叫黄龙。村民以黄姓为主。明清录属十都，民国33年（1944年）属东石镇古塔乡，1955年属东石公社东埕大队（由东埕、檗谷、后湖、永坑四个自然村组成），1980年改为东石镇檗谷村委会。[村落与居民] 区域面积1.579平方公里，属一个行政村，分设大宗南区、大宗北区、五松区、九曲区与檗庄区五个+查看详细檗谷村概况>>

2024年1月，檗谷村被命名为2023年福建省卫生村。

2022年10月，檗谷村被列入第六批中国传统村落。

2022年10月，福建省农业农村厅认定檗谷村定为第二批福建省乡村治理示范村镇。

2021年12月，檗谷村被确定为福建省第二批高级版绿盈乡村（乡镇）。

2021年12月，被确定为泉州市2019-2021年度市级“一村一品”专业村（乡镇），主导产业：胡萝卜。

2021年10月，农业农村部认定檗谷村为第十一批全国一村一品示范村镇（胡萝卜）。

2020年12月，被认定为2020年泉州市中级版“绿盈乡村”。

2020年12月，檗谷村入选2019年度福建省“一村一品”示范村名单（胡萝卜）。

2015年10月，檗谷村入选福建省第一批省级传统村落。

古檗山庄石刻古檗山庄石刻的所在地为福建省泉州市晋江市，类型为石窟寺及石刻，具体地址位于晋江市东石镇檗谷村。古檗山庄系清末民初华侨黄秀火良 营造的园林式家族陵园，面积1.7万平方米。营建时函请海内名流、书历史沿革：早在宋代，黄姓人就徙居于此地，开基始祖叫黄龙。

民国33年（1944年）属东石镇古塔保。

建国后，1956年属东石区古塔乡；1959年属东石公社东埕大队（有东埕、檗谷、后湖、永坑四个自然村组成）；1979年从东埕大队析出自成东石公社檗谷大队；1984年改为东石镇檗谷村委会。