莲埭的命名缘于埭上自然村，百崎回族始祖郭仲远初到白崎铺即现在的百崎回族乡定居时就住在埭上村。埭上村原是一片海埭，西侧的海堤俗称郑和堤，乃永乐十五年（1417）郑和第五次下西洋在泉州逗留期间协助百崎回民所建，至此才截断滔滔江水。在建堤之前，每逢涨潮时海水经常漫道村部，举目一片汪洋。而郭仲远所择居住地俗称“莲花穴”，也称“竹排穴”，能随这潮水的涨退而升降，因此郭仲远一家得以安然无恙。后来埭上及周边几个自然村组成一个行政单位（或称乡或称大队或称村，现在称为行政村）。所以就以“莲埭”作为称谓，这个名称一直沿袭至今。实行保甲制时埭上与下埭联保，俗称联埭保，因“莲”与“联”同音，这又是“莲埭”缘起之一说。

2024年1月，莲埭村被命名为2023年福建省卫生村。

2022年10月，2022年淘宝村名单发布，莲埭村上榜。

2021年10月，南京大学空间规划研究中心、阿里研究院联合发布2021年淘宝村名单，莲埭村榜上有名。

莲埭村是台商区百崎回族乡下辖的行政村，城乡分类代码为210，为乡中心区。区划代码为350521200203，居民身份证号码前6位为350521。邮政编码为362000，长途电话区号为595 ，车牌号码为闽C。莲埭村与下埭村、白奇村、后海村、里春村相邻。历史沿革：清属二十二都白奇铺，民国属后港莲埭保。

1949年冬至1955年属五区、七区（东园）莲埭乡，1956年併为东园黎阳乡，1958年期限后属上游公社、东园公社置莲埭大队，1985年改设为东园镇莲埭村委会，1990年成立百崎回族乡，莲埭村委会属之。