明朝年间，张氏在南陈村南的杜卜沟建庄，曾曰“南陈南沟”。抗战时期为管理方便，该村划属二区管辖，更名为南沟。村委会驻此地，故名。
2023年11月，山西省爱国卫生运动委员会命名南沟村为2023-2025年山西省卫生村。
南沟村是沁县定昌镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为140430100224，居民身份证号码前6位为140430。邮政编码为046000，长途电话区号为355 ，车牌号码为晋D。南沟村与西段庄村、迎春村、东段庄村、良基村、上庄岭村、北漳村、烟立村、福村村、温家庄村、刘家庄村、北石堠村、南石堠村、合庄村、西湖社区相邻。历史沿革：1945年属沁县第一区，1958年属沁县火箭人民公社。
1961年，设立南沟生产大队，属城关人民公社。
1984年4月撤销城关人民公社，改设城关镇人民政府，改制南沟生产大队为南沟村民委员会。
2001年设定昌镇人民政府，名称沿用至今。
