清雍正年间，肃州庙村一、三、四、五、六、七组及肃州堡村从肃州（即现在的酒泉市）移民，称为肃州坊。同时因村内有一座庙，肃州庙由此得名，后村以庙而名。

2021年2月，肃州庙村被命名为2020年度甘肃省卫生村（社区）。

肃州庙村是敦煌市肃州镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为620982102203，居民身份证号码前6位为620982。邮政编码为736200，长途电话区号为937，车牌号码为甘F。肃州庙村与板桥村、魏家桥村、武威庙村、高台堡村、河州堡村、祁家桥村、孟家桥村、杨家堡村、姚家沟村相邻。历史沿革：肃州庙村前身为肃州庙村和肃州堡村。

肃州庙村土改时属四区二乡二行政。

1955年成立星光和潘家桥两个初级社。

1958年为敦煌人民公社河西大队二中队。

1961年为潘家桥、肃州庙两个大队。

肃州堡村在清雍正年间，从肃州（即现在酒泉市）迁入移民。

因该村建有一堡子，肃州堡由此得名，后村以堡名。

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