明代，吴姓人氏在此开店，后居住人口渐多，形成村庄，分大小两村，统称吴店，故名。
吴店村是新蔡县河坞乡下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为411729204209，居民身份证号码前6位为411729。邮政编码为463000，长途电话区号为396 ，车牌号码为豫Q。吴店村与梁夹道村、戚楼村、孙湾村、柏围孜村、石营村、李湾村、孙堂村、陈庄村、河坞村相邻。历史沿革：1949年属新蔡县四区（关津）。
1951年属新蔡县六区（关津）。
1958年成立吴店生产大队，属火箭人民公社。
1983年改称吴店村民委员会，属河坞乡。
