东汉建安五年（200），邓姓迁此落户，东距县城三华里，曾名三里邓。官道经此，此村为过路小店，后易今名。戚姓和褚姓先后迁入。
2022年1月，三里店村被命名定为2021年度河南省卫生村。
三里店村是项城市秣陵镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为411681110210，居民身份证号码前6位为411681。邮政编码为466000，长途电话区号为394 ，车牌号码为豫P。三里店村与王营村、土屯村、金营村、范冢村、前老家村、闫楼村、新庄村、吴庄村、白沟村、王路口村、大凡村、陶湾村、东郊村、西陈楼村相邻。历史沿革：1949年属项城县第一区。
1983年成立哦三里店村民委员会，属老城乡。
2005年老城乡并入秣陵镇，为秣陵镇三里店村民委员会至今。
