明洪武四年（1371）马姓移民金陵，数十年后，来祖马旗从金陵移居淮南马旗屯，后从淮南迁此，亦名马旗屯，简称今名。
马旗村是项城市南顿镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为411681100208，居民身份证号码前6位为411681。邮政编码为466000，长途电话区号为394 ，车牌号码为豫P。马旗村与刘店村、周楼村、齐坡村、白坡村、任冢村、王庄村、刘寨村、位庄村、七沟村、八联村、王坡村、杨庄村、河口村、彭庄村相邻。历史沿革：1949年属项城县第六区。
1958年9月为南顿公社马旗生产大队。
1983年12月为南顿乡马旗村民委员会。
1988年8月南顿撤乡设镇，为南顿镇马旗村民委员会至今。
