清代，吴氏家族在此居住，村里有一座小庙，故名。
2022年1月，吴小庙村被命名定为2021年度河南省卫生村。
吴小庙村是鹿邑县杨湖口镇下辖的行政村，城乡分类代码为121，为镇中心区。区划代码为411628109215，居民身份证号码前6位为411628。邮政编码为466000，长途电话区号为394 ，车牌号码为豫P。吴小庙村与水牛张村、荆庄村、田庄村、杨虎头村、李八桥村、秦楼村、马屯村、赵楼村、仝楼村、李油坊村、郭集村、大田村、大张村、郭庙村相邻。历史沿革：1949年属杨湖口区（第十一区）。
1958年为杨湖口人民公社吴小庙大队。
1983年为吴小庙村民委员会，属杨湖口乡。
2009年为吴小庙村民委员会，属杨湖口镇至今。
