明代末，龚氏由山西洪洞县迁居此地，并在此开设店铺，故名龚店。
2022年1月，龚店村被命名定为2021年度河南省卫生村。
龚店村是鹿邑县王皮溜镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为411628104214，居民身份证号码前6位为411628。邮政编码为466000，长途电话区号为394 ，车牌号码为豫P。龚店村与王楼村、龙庄村、马庄村、李堆村、小安庄村、范桥村、陈洼村、小厂村、闫湾村、刘各村、张楼村、王小庙村、张寨村、钟庄村相邻。历史沿革：1948年属王皮溜乡。
1951年属鹿邑第二区（王皮溜区）。
1958年为王皮溜人民公社龚店大队。
1983年为王皮溜乡龚店村民委员会。
1990年为龚店村民委员会，属王皮溜镇至今。
