明代，高氏一族在此建村，得名高庄。1949年，因村东不远处还有一个高庄，为便于区分，按照所处位置，改称南高庄。
2021年1月，河南省爱卫会命名南高庄村为2020年度河南省卫生村。
南高庄村是西华县红花集镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为411622104208，居民身份证号码前6位为411622。邮政编码为466000，长途电话区号为394 ，车牌号码为豫P。南高庄村与关口村、刘奎庄村、上郭桥村、张庄村、南凌村、寺后刘村、王庄村、屈庄村、龙池头村、赤狼村、凌桥村、水坑王村、护档城村、寇庄村相邻。历史沿革：1948年属西华县第二区。
1958年为南高庄大队，属红花集公社。
1984年为南高庄村民委员会，属红花集乡。
1987年撤乡建镇，属红花集镇至今。
