因区域内有一清代同治元年（1862）建的清真寺庙，故名。

2021年2月，司法部、民政部公布清真寺村为第八批全国民主法治示范村（社区）。

2021年1月，河南省爱卫会命名清真寺村为2020年度河南省卫生村。

清真寺村是内乡县城关镇下辖的行政村，城乡分类代码为121，为镇中心区。区划代码为411325100202，居民身份证号码前6位为411325。邮政编码为473000，长途电话区号为377 ，车牌号码为豫R。清真寺村与黉学村、书院村、南园村、东风村、北园村、商城社区、北城社区、西城社区、教育社区、民主路社区、县衙社区相邻。历史沿革：民国时为城厢镇第二保。

1956年为城关镇和平高级社。

1958年为城关人民公社清真寺大队。

1966年更改为城关镇人民公社解放大队。

1984年体制改革更名为城关镇清真寺村民委员会，沿用至今。