因该沟生长有一棵600年的木瓜树而得名。
木瓜沟村是西峡县丁河镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为411323105223，居民身份证号码前6位为411323。邮政编码为473000，长途电话区号为377 ，车牌号码为豫R。木瓜沟村与黄草坪村、秧地村、古峪村、陈阳坪村、德胜村、马蹄岭村、龙庄村、寺山村、蝎子坪村、虫岈村、楸树沟村、蒲塘村、大林沟村、瓦房村相邻。历史沿革：明清时期属陈阳保。
1949年属黄草坪乡，始设木瓜沟村。
1958年设大队，属陈阳坪公社。
1961年恢复区建制，属丁河区。
1983年改为木瓜沟村民委员会，属陈阳坪乡。
