明初，马氏族人由山西洪洞迁此建村，因位于吉村附近，加姓氏取村名为“马吉村”。
马吉村是清丰县巩营乡下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为410922202219，居民身份证号码前6位为410922。邮政编码为457000，长途电话区号为393 ，车牌号码为豫J。马吉村与崔吉村、刘吉村、理直南街村、张吉村、理直西街村、谢吉村、理直集村、高庄村、东理直村、刘庄村、曹庄村、姜庄村、宋庄村、才元西村相邻。历史沿革：1949年，设立平原省，属平原省清丰县第三区。
1952年，撤销平原省，属河南省清丰县第三区。
1958年，为仙庄人民公社马吉村大队。
1962年，为巩营人民公社马吉村大队。
1984年，体制改革，为巩营乡马吉村村民委员会。
