据清同治十年（1871）《清丰县志》记载，很久以前，有一姓大名元的人在此种田谋生，后人口增多，建村，取名大元村。明初马姓自山西洪洞县迁其周围立村，以姓氏取名马大元。
马大元村是清丰县巩营乡下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为410922202211，居民身份证号码前6位为410922。邮政编码为457000，长途电话区号为393 ，车牌号码为豫J。马大元村与刘大元村、宋庄村、韩大元村、姜庄村、周庄村、东理直村、李安村、理直集村、理直西街村、翟家村、后岳楼村、理直南街村、崔吉村、前岳楼村相邻。历史沿革：1949年，设立平原省，属平原省清丰县第三区。
1952年，撤销平原省，属河南省清丰县第三区。
1958年，为仙庄人民公社马大元大队。
1962年，为巩营人民公社马大元大队。
1984年，体制改革，为巩营乡马大元村民委员会。
