清初，有住户在村边建一处水磨，用水冲石磨磨粮食，故名水磨。
2021年3月，水磨村入选2020年度洛阳市民主法治示范村（社区）。
水磨村是嵩县车村镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为410325103221，居民身份证号码前6位为410325。邮政编码为471000，长途电话区号为379 ，车牌号码为豫C。水磨村与高峰村、陈楼村、拜石村、黄水村、牛庄村、龙王村、佛坪村、树仁村、绸子村、鹿鸣村、两河口村、小豆沟村、官亭村、河北村相邻。历史沿革：清光绪三十二年（1906）属太和里车村保。
1949年2月复归嵩县，属车村区。
1951年陈楼与水磨村合并为小乡。
1958年合并成立水磨大队，属车村人民公社。
1984年为水磨村民委员会，属车村乡。
1995年8月，车村乡撤乡建镇，属车村镇，沿用至今。
