因当地曾有一座妈祖庙，村民们取其谐音，故名。

马祖村系福鼎市嵛山镇集镇所在地，位于全国十大最美海岛之一--嵛山岛的西部，拥有全岛最优良的港口，北与马祖村接壤，南邻芦竹村，东至天湖景区7公里，距著名对台贸易开放港口---三沙古镇4海里;面对牙城港，相距3.87海里;与太姥山下渔米之乡--秦屿镇相距7.2海里。村域面积3.8平方公里,现全村农业人口168户，441人。马祖村旅游资源丰富，风景秀美，聚集了岛上的诸多胜景，除天湖景区的主要景点大天湖外，还有大使岙百顷沙洲、白莲飞瀑、明月潭、仙人坡、大象石、八音泉等自然景观；以及历史悠久的妈祖庙、大使宫、莲花寺等人文景观。马祖村是一个渔村，渔业是其主导产业，80%村民从事渔业生产，主+查看详细马祖村概况>>

2026年1月，被确定为福建省2026年度乡村振兴示范村。

2022年10月，福建省农业农村厅认定马祖村定为第二批福建省乡村治理示范村镇。

2022年3月，马祖村被命名为2021年福鼎市平安村（社区）。

2021年11月，福建省爱卫办命名马祖村为2021年福建省卫生村。

历史沿革：1963年为马祖大队，1987年为马祖村民委员会。