原与湖塘、后姚、林边、东厝合为湖港乡，在1960年左右港口与其他四个村分开，以前往诏安、岐下一带的客人和货物都经过这个渡口，当时设有码头，是船只来往之处，故名。

港口村位于东山岛的西南端，全村共有505户人口2057人，是一个集农、林、盐、养殖等多种产业的村庄。 古代港口村也称碧浦，邻近的海湾是天然的避风港，故称为碧海沃，村名也由此而来。明嘉靖年间，明朝官兵战船曾在此设伏，全歼入侵的葡萄牙侵略者。 港口村盐场有着悠久的历史，由于这里紧邻诏安湾，海运交通便捷，明洪武二十年（1387年）诏安县盐场官府首次设立五都港口村政课税，盐业渐渐形成规模。 由于盐场官府设于此地，港口村商贸船只汇集，繁华一时，因而成为海盗袭击的目标，东山县志记载：明嘉靖年间，海盗曾一本，率领众贼驾舟百艘在碧海沃登陆，劫掠港口等村。事隔不久+查看详细港口村概况>>

2021年11月，福建省爱卫办命名港口村为2021年福建省卫生村。

历史沿革：民国期间，港口村隶属东南乡港口保。

1950年东山岛解放后，港口村历经土地改革时间属湖港乡，后历经初级社、高级社、人民公社。

公社化阶段属陈城公社港口大队，1984年公社改乡，港口大队改称为港口村。