芹溪村，因是荚姓建居，村前有溪，荚姓人丁不发，地生蕙草不长，而改为“芹”兴旺，故名。

2024年7月，被命名为2023年度三明市达标“六无”村（社区）。

2024年7月，被确定为2021-2023年三明市达标“六无”村（社区）。

2022年10月，福建省农业农村厅认定芹溪村定为第二批福建省乡村治理示范村镇。

2021年11月，福建省爱卫办命名芹溪村为2021年福建省卫生村。

芹溪村是清流县余朋乡下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为350423206204，居民身份证号码前6位为350423。邮政编码为365000，长途电话区号为598 ，车牌号码为闽G。芹溪村与泰山村、蛟坑村、余朋村、东坑村相邻。文化旅游：

芹溪村荚氏宗祠芹溪村荚氏宗祠位于余朋乡芹溪村，年代为清代，面积为810平方米，类别为坛庙祠堂。2018年7月30日公布为清流县第五批县级文物保护单位。保护范围：墙四周外延5米。保护范围：保护范围向外延伸1芹溪村石拱桥芹溪村石拱桥位于余朋乡芹溪村，年代为清代，面积为260平方米，类别为桥涵码头。2018年7月30日公布为清流县第五批县级文物保护单位。保护范围：周外延5米。保护范围：保护范围向外延伸10米。芹溪村攀龙桥芹溪村攀龙桥位于余朋乡芹溪村攀龙寨组，年代为清晚期，面积为237平方米，类别为桥涵码头。2018年7月30日公布为清流县第五批县级文物保护单位。保护范围：墙四周外延5米。保护范围：保护范围向历史沿革：中华人民共和国成立前属嵩溪乡；成立后仍属嵩溪乡。

1958年公社化时划归余朋公社，成立芹溪大队。

1984年改为余朋乡芹溪村委会。