因位于尼姑院上方地势平坦处，村民聚居形成的村落，故名。

2025年6月，被认定为2025年莆田市“一村一品”专业村，主导产业：羊肚菌。

2023年9月，被认定为2023年莆田市“一村一品”专业村，主导产业：茶叶。

2021年11月，福建省爱卫办命名上院村为2021年福建省卫生村。

上院村是涵江区庄边镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为350303107222，居民身份证号码前6位为350303。邮政编码为351100，长途电话区号为594 ，车牌号码为闽B。上院村与岐山村、走墘村、大汾村、山溪村、黄洋村、黄龙村、赤溪村、尚书桥村、松岭村、西音村、岫山村、凤际村、吉云村、泮洋村相邻。文化旅游：

上院半溪联络站旧址院半溪联络站旧址位于莆田市涵江区庄边镇上院村半溪自然村。1947年，黄国璋、林汝楠、饶云山经常在上院村活动，并在半溪邱元泮家建立地下联络站，邱元泮为联络员，积极参加地下革命活动。上院半溪联络历史沿革：宋、元朝时期属兴化县；明朝时期裁兴化县后划归莆田县，属广业里；民国时期属莆田县第四区游洋乡溪峰保；1950年属莆田县第十四区溪峰乡；1952年属莆田县第十三区庄边镇；1956年属莆田县上院人民委员会上院高级社；1958年人民公社化时属莆田县上院人民公社上院生产大队；1965年属上院公社上院大队；1984年12月改为莆田县庄边镇上院村；1992年9月属莆田县庄边镇上院村委会；2002年至今属莆田市涵+查看详细上院村历史沿革>>