村南有一条溪流多石，故以石为头（石溪）。原在宋属“岩溪村”主要本村没大岩，只见小石。宋末明初改为石溪村，村名一直流传至今。

2021年11月，福建省爱卫办命名石溪村为2021年福建省卫生村。

石溪村是福清市海口镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为350181103226，居民身份证号码前6位为350181。邮政编码为350300，长途电话区号为591，车牌号码为闽A。石溪村与洋坂村、工农村、岑兜村、东阁村、南厝村、李厝村、梧屿村、东岐村、东峤村、立新村、晨光村、后路村、海口村、斗垣村相邻。历史沿革：宋属感德乡浔洋里，永安境。

清宣统二年（1910年）属海口镇。

1943年设13甲属海口镇杞店乡东阁保。

1950年属龙田二区为石溪乡。

1958属海口公社为石溪大队。

1969年属海口乡石溪村革命领导小组。

1984年改大队为石溪村委会属海口镇。