原系李氏居住，陈氏祖宗从河南南下，经南京铁井栏后入闽，定居东壁，而后又迁此。为纪念南下迁居，故名。

2022年10月，福建省农业农村厅认定南厝村定为第二批福建省乡村治理示范村镇。

南厝村是福清市海口镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为350181103222，居民身份证号码前6位为350181。邮政编码为350300，长途电话区号为591，车牌号码为闽A。南厝村与东阁村、李厝村、岑兜村、梧屿村、洋坂村、东岐村、东峤村、石溪村、立新村、工农村、晨光村、后路村、海口村、斗垣村相邻。历史沿革：宋属感德乡仁寿里，有龙南境。

清宣统二年（1910年）属海口镇。

1943年属海口镇杞店乡，南厝保有11甲。

1952年10月属第二区东阁乡。

1955年9月属海口区东阁乡。

1958年属海口公社东阁大队。

1984年改大队为南厝村委会属海口镇。