因境内有邵店自然村，邵姓居民居多，开有很多商店，故得名。

邵店村位于小甸镇西北部，由原邵店、老湾、新岗3村合并而成，西、北与瓦埠镇隔湖相望，东、南与本镇唐店村、杨圩村、田铺村接壤。全村拥有土地面积8603亩，辖42个村民组，总人口4948。 邵店村村民活动场所位于原邵店乡政府东侧预制厂。占地总面积2100㎡，主体工程10间砖混结构楼房260㎡，其中党员活动室4间104㎡，附房4间砖混结构平房88㎡，为本村农村政策、经济、文化、信息交流中心和为村民提供全方位便捷服务的场所，是邵店村党员活动中心、村民议事中心、代理服务中心、教育培训中心和文化娱乐中心。邵店村与吕圩村、田铺村、唐店村、魏庙村、杨圩村、李山村、古楼村、姚郢村、鲁城村、马集村、贾庄村、筑城村、小甸社区、双湾村相邻。荣誉排行：

2022年11月，被命名为第三届寿县文明村镇。

2021年1月，邵店村被认定为2020年度安徽省美丽乡村示范村。

2017年8月，被命名为第六批“淮南市民主法治示范村（社区）”。

历史沿革：1949年属邵店乡；1961年为邵店大队，属邵店公社；1969年邵店大队，属卫东公社；1972年邵店大队，属邵店公社；1983年改为邵店乡，邵店村属之；2004年邵店乡并入小甸镇，邵店村属之；2007年老湾村、新岗村并入，属小甸镇至今。