唐以前，有韩、胡、鲍、戴诸姓居此，村临溪，称“旁溪”。南宋时，有位名士隐居于此，因慕周初姜太公隐居陕西渭水支流的磻溪，遂改村名：磻溪。
磻溪坐落于杞梓里镇镜内昌源河畔。原名“劳溪”， 取勤劳耕种之意，唐代开始有人在此定居，以农桑为业。到了宋代，有一名士隐居于此，因慕名姜尚隐居陕西的“磻溪”之含义而改名磻溪，又名渭滨（取姜太公于渭水之滨垂钓之意）。磻溪位于昌源河北岸，山如屏，河如带，从坡山之巅俯视磻溪全村，酷似鸟枪形，村头笔直细长，犹如枪管，村未宽而弯，犹如枪把。民谚曰：“村形如枪，习武有方”。磻溪村曾是“一河两岸人家”的布局，昌源河对岸人家毁于清代兵燹，至今依存残垣断壁，近年有人在旧址上兴建新屋，有趋向恢复原貌之势。磻溪夕800余人，2005年1380人。磻溪清属三十三都；1934年归属驻地北岸的第四区长兴乡（驻地唐里），为磻+查看详细磻溪村概况>>
2023年11月，被确定为2022年安徽省卫生村（社区）。
2019年12月，磻溪村入选2019年度安徽省森林村庄。
2019年6月，磻溪村被列入第五批中国传统村落名录。
磻溪节孝坊磻溪节孝坊位于杞梓里镇磻溪村，时代为清。磻溪节孝坊被公布为县级文物保护单位。历史沿革：民国前，属长乐乡，三十三都。
1952年，置磻溪乡，磻溪村、石济坑部分村属之。
1961年属苏村公社，1983年公社改乡，1992年苏村乡并入杞梓里镇，1994年恢复苏村乡，2004年苏村乡复并入杞梓里镇，磻溪村、石济坑部分村属之。
2008年，石济坑村之石济坑自然村并入磻溪村，隶属不变。
