因村处瑞芝山下得名。瑞芝山，又名大罗山，因从前常产灵芝得名。

小芝村是镇区所在地，下辖三个自然村，19个生产队，2180人，是全镇政治经济文化中心。小芝鼓亭，小芝木雕，小芝草帽声名远扬。小芝村与车口村、乌石头村、岙坑村、栖凤村、大来岙村、龙岙村、伴山村、三保村、罗上宅村、横峙村、南洋村、南丰村、乌岩村、杏中村相邻。荣誉排行：

2023年11月，被认定为2023年临海市高质量就业社区（村）。

2023年11月，被命名为2023年度临海市清廉村居达标单位。

2023年3月，小芝村被认定为2022年度“浙江省善治村”。

历史沿革：建国初为小芝乡小芝村；1956年成立小芝高级社，属于包山乡；1958年为小芝生产队，属包山管理区；1961年为小芝大队，属小芝人民公社；1984年改为小芝村，属小芝乡；1987年乡改镇，改为小芝镇；1992年撤区扩镇并乡，车口乡并入建立新的小芝镇。