处瑞芝山下得名，瑞芝山，又名大罗山，从前常产灵芝。

小芝，旧时承恩乡，二南乡，民国时立小芝乡，1950年至1992年属桐峙区管辖。小芝镇位于浙东南、临海市中东部、东南临三门、桃渚、杜桥，南与涌泉镇桐峙山相连，西接牛头山水库上游，北与东塍镇交界。小芝四面山区，中间是高低起伏的丘陵，地形宛若灵芝草，是百廿里倒流水的逆溪源头。小芝文化发达，人文底蕴深厚，境内有驰名海外的唐代古刹真如寺遗址、有逆溪流域上的三十六渡遗迹汇龙桥、有能工巧匠手下的古亭。小芝交通便利，省道75线、车义线贯穿全境，县道公路直通三门。现全镇总面积90平方公里，有21个行政村，3.6万人，耕地保有量2.3万余亩，山林面积9.7万亩，森林覆盖率达到70.6%，素有台州市“后花园”和“绿+查看详细小芝镇概况>>

2024年12月，被认定为2024年度浙江省A级景区镇（4A级景区镇）。

2022年3月，小芝镇入选2022年浙江省美丽城镇建设样板创建名单（农业特色型）。

2020年7月，全国爱卫会命名小芝镇为2017-2019周期国家卫生乡镇（县城）。

2007年1月，环境保护部授予小芝镇第六批全国环境优美乡镇称号。

2005年1月，2004年度浙江省省级生态乡镇名单公布，小芝镇榜上有名。

小芝碧水湾台州市小芝碧水湾位于台州市临海小芝镇石溪村,距著名的桃渚国家地质公园7公里,离台州市区约28公里交通便捷,环境优美。农庄一期投资1600万元人民币，占地260余亩，乐园住宿等设施配套齐全，有峙山头遗址峙山头遗址位于临海市小芝镇南丰村，西距临海市区30余公里。2014年6月～2015年10月，浙江省文物考古研究所与临海市文物保护管理所联合对峙山头遗址及周边地区进行了考古调查。遗址分布在一个历史沿革：宋时属承恩乡部分；元时属十八都、二十三都、二十四都；清时属承恩乡乌岩庄、龙岙庄和包山庄；光绪三十四年（1908）属第三区二南乡；民国初属涂桃区小芝乡、乌岩乡，后合并为二南乡；建国初其现域有小芝乡、汊口乡、包山乡，属桐峙区；1952年，汊口乡分出乌岩乡；1955年10月，小芝乡并入包山乡；1956年乌岩乡并入汊口乡，1957年12月重新分出；1958年3月包山乡分立小芝乡，同年10月，两乡合并为小芝+查看详细小芝镇历史沿革>>