相传明朝本村有一郭姓在朝任阁老，把此地修筑的象南京一样，得名小南京。后演变为小南清。因村委会驻此地，故名。
小南清村相传明朝有一郭姓在朝任阁老，把此地修筑的像南京一样，故名小南京，后演为此名。小南清村现有住户250户，891口人，耕地765.5亩，退耕还林共83亩，林改总面积2196.5亩。小南清村与新华村、牛居村、大安村、井掌底村、角脚底村、淙上村、南沟村、长林村、中桥村、关帝村、寨里村、瓜掌村、井则口村、西峰村相邻。历史沿革：该村自村落形成以来地名未变。
1949年至1953年全县为7个行政区时隶属七区。
1954年至1955年全县分三区四个基点时，隶属固村基点。
1956年全县分44个乡时隶属店上乡。
1984年撤销人民公社，全县划分为5镇15乡时隶属店上镇。
2001年全县撤并为12个乡镇时隶属店上镇。
2020年，东方上村并入小南清村，并入后村名为小南清村，办公地址设在原小南清村。
