《灵丘县地名录》记载，清朝初期，此地是古之山姓乔的一个花园，后乔去花园居住。因为花园位于古之山村南，故取名为：“南园”。

2023年11月，山西省爱国卫生运动委员会命名南园村为2023-2025年山西省卫生村。

南园村是灵丘县东河南镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为140224101212，居民身份证号码前6位为140224。邮政编码为037000，长途电话区号为352 ，车牌号码为晋B。南园村与古之山村、北张庄村、东窖村、清泥涧村、六合地村、亭之岭村、水涧村、大北地村、下野窝村、峰北村、中野窝村、三合地村、蔡家峪村、燕家湾村相邻。历史沿革：1949年属赵北区，1958年属于古之河公社，1961年属于东河南公社，1984年镇社分社后属于东河南镇，设立南园村民委员会。

2001年撤乡并镇后属于东河南镇。