1949年建立河南区，1954年设河南蒙族自治区，1964年改现名；因明末清初以来为青海黄河以南蒙古族驻牧地得名；另据《中国地名由来词典》因黄河自南向西，经县北部流经得名。
河南蒙古族自治县位于青海省东南部，处青、甘、川三省之津要。黄河贯穿境内。该县是一纯牧业县，也是青海省的畜牧业主要生产基地之一，牧业产值占工农业总产值的90%以上，有可利用草场913.71万亩，各类牲畜80万头（只）。草场植被丰茂，草质优良，历来是水草丰美的天然牧场。年出售鲜牛羊肉800余吨，30万张皮张，酥油600多吨，羊毛180多吨，畜产品开发前景广阔。境内资源丰富，已发现黄铁、黑铁、辉锑、石膏、芒硝、锰、泥炭等十几种矿苗，水能理论蕴藏量为129.64万千瓦。境内栖息着白唇鹿、马熊等许多名贵野牲，生长着冬虫草、党参、手掌参、雪莲等数百种珍贵药材，丰富的动植物药材、野生资源待开发利用。赛尔龙乡+查看详细河南蒙古族自治县概况>>
2026年1月，入选2025年国家乡村振兴示范县创建名单。
2025年12月，被命名为第十二批全国民族团结进步示范区。
2021年12月，河南蒙古族自治县被列入2021年农业现代化示范区创建名单。
2021年9月，河南蒙古族自治县被命名为第五批“绿水青山就是金山银山”实践创新基地。
2021年5月，根据第七次全国人口普查结果，河南蒙古族自治县人口数量为4.09万人，位列黄南州各县市人口数量排行榜第4位，位列青海省各县市区人口数量排行榜第33位，位列全国各县市区人口数量排名第2772位。
2021年4月，河南蒙古族自治县上榜2021中国特色美食百佳县市榜第70名。
2020年10月，生态环境部授予河南蒙古族自治县第四批国家生态文明建设示范市县称号。
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东汉景帝建发十九年（214），归附汉朝。
北周建德五年（576），地属北周廓州总管府辖。
隋朝前期属吐谷浑辖，后期属西海郡赤水县。
五代十国时期为吐蕃、吐谷浑、党项、羌等势力各霸一方，无以统属。
元代为吐蕃等处宣慰司辖地，属河州必里万户符。
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