此地以地理环境命名，原从石门沟老大队分来。

2023年3月，石门沟村被授予甘肃省第十六批省级文明村镇称号。

2020年3月，甘肃省爱国卫生运动委员会命名石门沟村为2019年度甘肃省卫生村（社区）。

2019年12月，国家林业和草原局公布第二批国家森林乡村名单，石门沟村榜上有名。

2017年3月，被国家民委命名为第二批中国少数民族特色村寨。

2016年10月，农业部将石门沟村推介为2016年中国美丽休闲乡村。

2013年8月，石门沟村被列入第二批中国传统村落名录。

石门沟村是文县铁楼藏族乡下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为621222200211，居民身份证号码前6位为621222。邮政编码为746000，长途电话区号为939 ，车牌号码为甘K。石门沟村与铁楼村、强曲村、枕头坝村、小沟桥村、入贡山村、草河坝村、旧寨村、寨科桥村、麦贡山村、下墩上村、新寨村、演武坪村、肖家山村、景家坝村相邻。历史沿革：1949年文县解放，1951年全县调整为6区46乡，属兴文区旧寨乡辖。

1953年6月全县调整为9区70乡，仍属兴文区旧寨乡辖。

1955年10月合并区、乡机构，旧寨乡并入铁楼乡，今石门沟村随之并入，属兴文区铁楼乡辖。

1958年12月成立城关公社，为城关公社石门沟大队。

1961年公社划小，为铁楼公社石门沟大队。

1981年铁楼公社改为铁楼藏族公社，属铁楼藏族公社辖。

1983年10月铁楼藏族公社改为铁楼藏+查看详细石门沟村历史沿革>>