清嘉庆年间，为预防匪患，当地驻军与村民联合修建了一座堡子。因位置处在该乡境内以南高土台子的位置，故当地人称其为南台堡。后村以堡名。
南台堡村是敦煌市七里镇下辖的行政村，城乡分类代码为121，为镇中心区。区划代码为620982100206，居民身份证号码前6位为620982。邮政编码为736200，长途电话区号为937，车牌号码为甘F。南台堡村与大庙村、铁家堡村、秦家湾村、三号桥村、杜家墩村、白马塔村、祁连社区相邻。历史沿革：土改时属三区三乡二行政。
1955年建南台、永丰二个初级社。
1958年为敦煌人民公社党河大队南台堡、永昌沟二个生产队。
1961年为党河大队南台堡大队。
1969年恢复为南台大队，1983年3月改置村。
