该村原由四个自然村祁家店，北坡，吴家磨湾，刘家庄组成，因此得名。
2021年12月，张掖市爱卫张掖命名祁店村为2021年张掖市卫生村。
2016年10月，农业部将祁店村推介为2016年中国美丽休闲乡村。
祁店村是山丹县清泉镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为620725101209，居民身份证号码前6位为620725。邮政编码为734000，长途电话区号为936 ，车牌号码为甘G。祁店村与清泉村、拾号村、双桥村、北湾村、南湾村、郑庄村、南湖村、郇庄村、南关村、城北村、西街村、红寺湖村、东街村、北滩村相邻。历史沿革：祁店村原名为祁家店大队，由祁家店北坡，吴家磨湾，刘家庄，四个自然村组成，1983年设立祁店村村民委员会后，该村命名为祁店村至今。
