地处乌牛坝与清河坝之间，因土地四周较为方正而得名。

2016年7月，农业部认定方沟村为第六批全国一村一品示范村镇（设施农业）。

方沟村入选甘肃省第五批“全省民主法治示范村（社区）”名单。

方沟村是永昌县水源镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为620321105204，居民身份证号码前6位为620321。邮政编码为737100，长途电话区号为935 ，车牌号码为甘C。方沟村与永宁村、华家沟村、北地村、宋家沟村、东沟村、胜利村、赵沟村、杜家寨村、新沟村、西沟村相邻。历史沿革：民国时属永宁乡三保。

1955年合作化时组建初级农业合作社，属永宁乡，1956年转为高级农业社。

1959年为清河公社永宁大队方沟生产队。

1961年划为水源公社方沟大队。

“文革”中改名红卫公社跃进大队，1970年恢复原名。

1983年政社分社后设村民委员会，属水源乡。

2000年11月，水源撤乡建镇，属水源镇至今。