怒语地名。“棉”是明果村的代称，“谷”意为渡河。因村民从明果村渡河迁居到此地，故而得名“棉谷”。

2024年5月，被命名为福贡县第四批“民主法治村（社区)”。

2022年12月，棉谷村棉谷新自然村被评定为云南省2022年乡村振兴“百千万”工程美丽村庄。

2021年12月，棉谷村入选2021年度云南省美丽村庄（州市级）。

2021年3月，棉谷村入选2020年云南省卫生村名单。

棉谷村是福贡县匹河怒族乡下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为533323201206，居民身份证号码前6位为533323。邮政编码为673400，长途电话区号为886 ，车牌号码为云Q。棉谷村与架究村、知子罗村、托坪村、沙瓦村、果科村、瓦娃村、普洛村、怒福社区、老姆登村相邻。历史沿革：建村时间不详。

1933年设碧江设治局里吾底乡一保，1950年改设碧江县一区八村，1956年设一区棉谷乡，1969年设棉谷大队，1984年复设棉谷乡，1986年碧江县建制撤销，同匹河区划属福贡县，1988年设福贡县匹河怒族乡棉谷村公所，驻下棉谷自然村。

2000年12月设棉谷村民委员会，沿用至今。