因本村位于山岭、河流两旁，绿树成荫，菁河清水潺流，鸟语花香，有山清水秀之境故名“清水沟”。村委会因此得名。

2021年3月，清水沟村入选2020年云南省卫生村名单。

2020年9月，云南省林业和草原局公布云南省第一批省级森林乡村名单，清水沟村入选。

清水沟村是弥渡县红岩镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为532925102212，居民身份证号码前6位为532925。邮政编码为675600，长途电话区号为872 ，车牌号码为云L。清水沟村与章岗村、东海村、史近村、赤水村、罗营村、理卫村、大营村、班局村、竹园村、吉祥村、红岩村相邻。历史沿革：1954年从凤仪县划归弥渡县时属二区称格者乡，1956年建清水沟、青龙、龙顶农业生产合作社，1958年属红岩人民公社，称清水沟、青龙、龙顶管理区。

1961年称青龙、清水沟、龙顶大队。

1963年属红岩区辖，称东村人民公社。

1970年属红岩人民公社辖，称向阳大队。

1984年建红岩区称清水沟彝族乡，1988年属红岩乡辖，称清水沟村公所，2000年撤乡设镇时属红岩镇辖，称清水沟村民委员会，名称沿用至今。